工事発注時の注文書について質問があります。

工事期間中、月極駐車場を契約し、各業者から一部を負担してもらっています。
その料金は工事代金支払時に相殺という形で処理しています。

会社の意向（？）というか上司の考えで、注文書発行時に駐車場代を差し引く旨を明記したいのですが、元々の工事発注金額から差し引いても良いのでしょうか？
　例：基礎工事1,000,000円－駐車場負担分10,000円＝合計発注金額990,000円

私としては発注金額の合計金額が変わってしまうので、印紙税法の関係等で引っかかるのでは…？
と思っています。
また、弊社が立て替えて払った駐車場代を請求してるだけなのに、注文書でマイナス入れると言うのはおかしいような気もするのですが…。

わかりづらい質問で申し訳ありませんが、どなたかご回答お願いいたします。

ご回答ありがとうございました。
少し急いでいた件だったので、即答いただけて大変助かりました。