税理士さんの言う事が正解ではないでしょうか？
あくまでその工事に対するメンテナンスな訳ですから、売上計上が済んでいる工事であっても
その工事の手直し工事による原価発生には変わりないわけです。
よってその工事の赤字計上を当期に行うというやり方で問題ないと思います。

メンテナンスが発生するという事は何かしらの原因があるわけで、その原因追求をするためにも
その工事の原価と特定できる形にしておかないといけないのではないでしょうか？
手直し原価としてひとくくりにしてしまうと、悪さ加減が出てきません。
税理士さんの言うとおりに処理すべきではないかと私は考えます。