現場事務時代、50億を超える工事の適用を受けてしまい、工事進行基準をさせられました。

監査法人と打ち合わせした時は、翌期の費用（未成工事支出金）に持ち越すものは、明らかに翌期の出来高に関するもの（未使用材料等）で大きな支出を現場の所長と事務担当者で判断すれば良いとのことでした。

翌期の工事準備の為の現場経費（給与等）のみの支出の場合、未成工事支出金で処理しても良いとは思います。
しかし、なんらかの事情で工事が中断したのではなく、工事施工施工計画予定上、現場経費のみしか発生しないのであれば、そのまま進行基準で行っても良いと思われます。
進行基準における完成工事高は基本的には発生工事原価の支出と総見積原価で行くので、直工費の出来高という観念は考えなくても良いと思われます。（各社の考え方・会計士等との打ち合わせによるでしょうが）

現場が翌期の費用であるということを明確できない、またはそこまでの大きな支出ではない、または請負に準備期間分の諸経費が含まれている等を考慮して考えるべきでしょうが、経理システムで支出・出来高管理するのであれば、無視して進行基準で処理する方向性に行っても、現在の総見積原価の把握がしっかりしていれば差し支えないと思います。

本格的に進行基準で処理するならば、工事個別に判断していくことは、受注の多い会社では無理になってくると思われます。