下請け工事売上の中には収集運搬分も含まれていると思います。
私の会社でも例外でなく、普通に工事売上にしていますが、収集運搬業の更新許可時に指摘されました。
工事契約において、そこまで詳しく記載されていることもあまりありません。見積書を調べればわかる場合もありますが・・・
通常はどのように計上しているのでしょうか？