管理人＠建設業振興基金です。

建設業法の第三章第二節では、建設工事の請負契約のうち、元請負人の義務として、下請工事の検査・引渡し、下請代金の支払い、下請業者に対する指導等を規定しています。

ご質問の通り、下請業者が特定建設業者または資本金4000万円以上でない場合においては、一般的には完工引渡後50日以内の支払義務があります。
例として、注文者が特定建設業者である場合の下請工事に係る検査・引き渡し・代金支払いについての流れを以下に示します。

元請負人は、下請負人からの工事完成通知を受けてから20日以内でできるだけ短い期間に、下請工事に対する完成検査を行う必要があります（建設業法第24条の4第1項）。
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下請負人は検査結果に基づき補修工事等の必要があれば実施し、終了後、元請負人に対して工事目的物の引渡しの申出を行います。
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元請負人は、下請負人が引渡しの申出をしたときは、直ちに工事目的物の引渡を受けなければなりません（建設業法第24条の4第2項）。※特約あり
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建設業法第19条において、建設工事の請負契約の当事者は、工事内容、請負代金の額、工事着手の時期及び工事完成の時期をはじめ、請負代金の支払の時期及び方法などについて書面により作成し、署名又は記名捺印をして相互に交付しなければならないこととされていますが、下請代金の支払期日は、下請負人が引渡しの申出をした日から50日以内で、できるだけ短い期間に設定することが求められています（建設業法第24条の5第1項）。
なお、下請代金の支払期日の定めがなければ、下請負人からの引渡し申出日が支払期日とみなされます（建設業法第24条の5第2項）。


上記より、下請代金の支払期日については、あくまでも「引渡しの申出」から50日以内で、できるだけ短い期間に支払うことが求められているということであり、請求書の有無については触れられていません。

したがって、元下間の請負契約またはそれに準ずる書面の作成段階において、例えば、
・工事完成の通知、引渡しの申出は書面により行う。
・元請負人は下請負人からの引渡しの申出から○○日後までに、指定金融機関宛の口座宛に工事代金の支弁を行う。
等を定め、または注記しておく必要があると考えられます。

いずれにしても、元下間における契約あるいは合意事項については、後日の紛争を避けるために、書面で行うことが適切です。


（参考）建設業法令遵守ガイドライン
http://www.mlit.go.jp/common/000036637.pdf

管理人＠建設業振興基金です。

建設業法では、建設工事における請負契約の当事者は、各々の対等な立場における合意に基づいて、公正な契約を締結することを求めています。

建設業法第19条では、建設工事の請負契約の当事者は、契約の締結に際して、工事内容、請負代金の額などの諸事項を書面に記載し、署名又は記名押印をして相互に交付しなければならないとされています。

ここでいう「建設工事の請負契約の当事者」とは、発注者と請負人のみならず、元請負人と下請負人も含み、すべての請負契約関係について適用がなされます。

よって、立場の違いや金額の大小にかかわらず上記は適用されますが、実務上では手続の合理性等の観点から、簡便的な方法を用いて両者の合意を確認する方法も用いられているようです。

建設工事請負契約における、工事の内容その他重要な事項については、できるだけ詳細かつ具体的に記録を残し、当事者間の権利義務関係を明確にしておくことが、後日の紛争を避けるためにも重要です。